Kakva je razlika između RT-qPCR i običnog PCR?
PCR (pi-si-ar, prema pravilima spelovanja u engleskom jeziku) je akronim za Polymerase Chain Reaction, odnosno lančanu reakciju polimeraze, proceduru koju je 1983. razvio nobelovac Kary Mullis. Ovom metodom naučnici povećavaju broj – vrše amplifikaciju – određenih segmenata nukleinskih kiselina, odnosno nasljednog materijala. Originalno, PCR je bio metoda amplifikacije segmenata DNK, a kasnije je razvijena i inačica koja amplificira RNK. Svrha PCR-a jeste da se stvori dovoljno genetičke sekvence koja bi se mogla detektovati i analizirati. O samom PCR-u  i kako se on radi pisala sam u tekstu “PCR: boldiranje DNK”.
 
Međutim, šta ako trebamo amplificirati RNK, recimo ako tražimo neki RNK virus, kojima ima isključivo ovu molekulu kao “urnek” za sintezu svojih komponenti?
 
Naime, obje ove molekule – i DNK i RNK – predstavljaju nasljedni materijal, s određenim razlikama u strukturi. Obično se DNK sastoji od dva lanca koji imaju različite smjerove i uvijeni su u spiralu, a RNK ima 1 lanca, mada postoje i izuzeci, drugačije molekule. Zajednička „slova“ DNK i RNK su A (komponenta adenin, nukleinska baza po sastavu), G ( nukleinska baza gvanin) i C (nukleinska baza citozin). Razlikuju se po tome što u DNK imamo slovo T (nukleinska baza timin), a kod RNK U (uracil). Redoslijed ovih „slova“ određuje redoslijed aminokiselina u lancu proteina, ali i kopiranje genetičke šifre. Više o razlikama između DNK i RNK pogledajte u videu o tome na mom kanalu: 
 
 
 
Problem je što virusi, za razliku od živih bića, mogu imati samo ili DNK ili RNK kao instrukciju za svoju replikaciju. Mi u našim ćelijama imamo i DNK i RNK, kao što ih imaju i ćelije ostalih živih bića – bakterija, gljiva, biljaka, ali virusi imaju samo ili DNK ili RNK. SARS-CoV-2 ima samo RNK.
 
Ne ulazeći u detalje izolacije nasljednog materijala i ciklusa PCR te drugih principa na kojima se zasniva ova tehnika, treba skrenuti pažnju da je otkrivanje RNK virusa zasnovano na malo modifikovanoj PCR tehnologiji koju nazivamo RT-PCR, a što je skraćenica od Reverse transcription polymerase chain reaction tj. lančana reakcija polimeraze pomoću reverzne transkriptaze, jednog enzima koji RNK virusi koriste kada pretvaraju naše ćelije u „fabrike“ za proizvodnju svojih kopija. Ovu RT-PCR treba razlikovati od Real-time PCR, tehnike koja također ima skraćenicu RT-PCR, a predstavlja PCR u stvarnom vremenu.
 
Svi ovi termini, ako niste biološke, hemijske ili medicinske struke, mogu zvučati strašno i teško su prohodni laicima. Međutim, lakše je razumjeti kada imate informaciju da se virusna RNK, da bi se virus kopirao u inficiranim stanicama, primjerice čovjeka, mora prepisati, „učitati“ na DNK čovjeka, što je proces suprotan onome što se obično dešava – DNK se prepisuje na RNK da bi se proizvelo nešto što je kodirano nekim dijelom DNK (taj dio koji kodira zovemo gen). To nešto što se proizvode je protein, a različiti proteini imaju različite uloge u organizmu – neki grade ćelije, tkiva i prostore između ćelija, neki služe da ubrzavaju biohemijske reakcije u organizmu, neki „prenose poruke“.
 
RT-PCR tehnologija oponaša ono što radi virus kada inficira stanicu –  RNK se „upisuje“ u DNK reverzno. Mi jednostavno pretvaramo RNK u DNK, i to ne bilo koju nego u takozvanu komplementarnu DNK (eng. cDNA), koja je na neki način „odraz“ početne RNK molekule, samo pisan suprotnim slovima genetičke abecede. U genetičkoj „abecedi“, stvaraju se parovi baza: adenin i timin, gvanin i citozin tj. citozin je „suprotan“ gvaninu, a adenin je „suprotan“ timinu.  Na mjestima gdje je na RNK virusa bio citozin, na komplementarnoj DNK će biti gvanin.
 

Zatim se ta komplementarna DNK „dogradi“ da se stvori drugi dio lanca DNK molekule, koji je zapravo slika i prilika one naše početne RNK molekule. Onda amplificiramo tu DNK pomoću PCR tehnike i znamo šta se nalazi u uzorku. Jedino što umjesto uracila, slova „U“, ova molekula ima timin, slovo „T“, ali to ne mijenja značenje poruke i naučnici će znati da je ta sekvenca ista. Najvažnije – ovo je metoda koja nam omogućava da detektujemo postojanje RNK u uzorku, a upravo ovo nam treba kako bismo dokazali postojanje virusa.

Evo kako to izgleda (izvor: Wikipedia, By Lokeshthimmana – Own work, CC BY-SA 4.0): 

 

 
Kada imamo specifičnu RNK – genetički kod virusa poznat, onda možemo da ga koristimo kao referencu i uporedimo šta smo dobili metodom PCR s već poznatom sekvencom. Indirektno, dokazivajući postojanje RNK specifičnog virusa, dokazujemo i njegovo postojanja. Kineski naučnici su u januaru ove godine dešifrovali RNK virusa i ove podatke ostavili dostupnim drugim naučnicima.

U našoj zemlji, početkom juna, naučnici iz Alea Genetičkog centra, predvođeni dr. Rijadom Konjhodžićem i zajedno s ekipom s Burch univerziteta, predvođenom dr. Damirom Marjanovićem, objavili su da su sekvencionirali SARS-CoV-2 na uzorcima kliničkih slučajeva u BiH. U isto vrijeme, novi koronavirus je sekvencioniran na Veterinarskom fakultetu UNSA, a prije toga i izoliran, pod vođstvom dr. Teufika Goletića. 

PCR test na SARS-CoV-2 razlikuje ovaj virus od virusa gripe i drugih virusa: pouzdanost PCR testa
Ovaj tekst je dio teksta objavljenog u maju 2020.za Glas Amerike, nadopunjen.