1. Model recentnog porijekla
Prema tzv. modelu „Iz Afrike”, odnosno Modelu recentnog porijekla (engl. Recent African Origin, ili Out of Africa), anatomski moderni ljudi svoju evoluciju doživljavaju na afričkom tlu (začeci moderne anatomije vidljivi su u razdoblju između 300 i 200 000 godina prije sadašnjosti) te nakon što se šire na druge kontinente (prvo Aziju, počevši oko 100 000 godina prije sadašnjosti, a zatim i Evropu, počevši prije 40-ak hiljada godina), u potpunosti i bez miješanja zamjenjuju starosjedilačke skupine (poput neandertalaca, denisovanaca i dr.).
2. Model multiregionalnog kontinuiteta
Suprotno tome imamo tzv. Model multiregionalnog kontinuiteta (engl. Multiregional model) prema kojemu su još od ranijeg vremena kad su ljudi napustili Afriku (ne radi se o anatomski modernim ljudima, već o ranijim homininima koje većina stručnjaka naziva Homo erectus) prije skoro 2 milijuna godina, postoji dovoljan kontakt i miješanje ljudi između i unutar geografskih regija koji uzrokuje da evolucija na svim prostorima ide u istom smjeru (dakle putem evolucije anatomski modernih ljudi).
3. Asimilacijski model
Treći model naziva se Asimilacijski model (engl. Assimilation model) i slaže se s modelom Out of Africa da začetke anatomski moderne morfologije (i time evolucije naše vrste) nalazimo u Africi ranije nego na drugim prostorima. No ne slaže se s time da nakon širenja na druge prostore anatomski moderni ljudi (Homo sapiens sapiens) u potpunosti zamjenjuju starosjedioce. Asimilacijski model pretpostavlja da se nove populacije miješaju sa starijima i time možemo pratiti kontinuitet, odnosno njihovu asimilaciju u novopridošle populacije.
Naravno, do vremena kada smo raspolagali s rezultatima genetičkih i posebice genomskih istraživanja, već samo fosilnom i arheološkom građom, bilo je teško uvjeriti dio znanstvenika da su neadertalci mogli pridonijeti genomu kasnijih populacija. No, počevši od godine 2010. i prve publikacije kompletnog genoma neandertalca (Svante Pääbo i njegov tim), dakle ne samo mitohondrijskih sekvenci, naš uvid u prošlost puno je detaljniji. Od tada su genetičari uspješno izolorali niz genomskih sekvenci, ne samo neandertalaca, već i anatomski moderih ljudi gornjeg paleolitika, kao i drugih nalaza, poput denisovanaca koji su obitavali u dijelu Azije.
Na temelju tih istraživanja danas je vidljivo da su se anatomski moderni pridošlice, nakon što napuštaju svoju afričku pradomovinu, miješali s ljudima koje su zatekli na novim prostorima (pa tako i neandertalcima i denisovancima) i time je njihovo genetičko naslijeđe uključeno i u genom suvremenih ljudskih skupina (pojednostavljeno, većina nas u sebi ima 1-3 % genetičkog naslijeđa neandertalaca, a ljudi na prostoru gdje su živjeli tzv. denisovanci preuzeli su pak njihovo naslijeđe). Nadalje, valja naglasiti da govorimo o nekom prosjeku (dakle Vi ili ja naslijedili smo 1-3% naslijeđa neandertalaca), no ako promatramo sve nas koji u sebi nosimo neandertalske gene, onda je na populacijskoj razini do danas sačuvano gotovo 50% naslijeđa direktno od neandertalaca. To je dokaz da miješanje nije bilo toliko rijetko i iznimka, kao što neki znanstvenici pretpostavljaju. Danas je nemoguće prepoznati neandertalce među nama na temelju njihove anatomske građe, no svi smo mi (govorimo o stanovnicima Eurazije), dijelom neandertalci.
„Na temelju svega izrečenog, mislim da je neandertalce najbolje smatrati podvrstom naše vrste (Homo sapiens neandertalensis), a ne zasebnom vrstom (Homo neanderthalensis). Rezultate genetičkih i genomskih proučavanja arhaičnih populacija treba pozdraviti s oduševljenjem, jer ono što naučimo može imati velik odjek u razumijevanju ne samo naše evolucije i genealogije, već i razvoja mnogih bolesti i predispozicija za njih, te na kraju imati važnu ulogu u prevenciji i direktno poboljšanju naših života”, istakao je dr. Ivor Janković.